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2009. 2. 17. 14:55

DNA THE SECRET OF LIFE - James D. Watson 독서2009. 2. 17. 14:55


어이쿠 사진 크기도 해라. 아마존 닷컴에서 구한 사진. 본 책은 DNA와 관련된 연구의 진행 과정과 그 내용을 서술해 나간 책으로, 기술적인 내용 약 20%에 해당하고 나머지는 공대생 입장에서 보면 그리 쓸모있지 않은 내용을 장황하게 서술한 느낌이다. 제목과 본문의 사전 몇개면 필요한 내용이 파악되는 뒷부분은 요약하지도 않았다. 장학재단 필독도서중에서 선택하여 읽게 되었는데 이거 커다란 책이 500페이지에 달하는 원서라서 다 읽지는 못하고 본인이 관심있는 부분을 중점적으로 읽게 되었다. GRE단어가 불쑥불쑥 튀어나와 나를 당황스럽게 만들었다.


  1. Beginnings of Genetics: From Mendel to Hitler
    • 키워드: heredity, mendel, pangenesis(정자 내부에 인체의 미니어쳐가 존재한다는 이론), genes, Sutton-Bovery theory, fruit flies, eugenics(우생학, 우수한 유전자만 남겨 인류를 개량해야한다는 것)
    • Eugenics vs Genetics
    • dominant: 우성의, recessive: 열성의
  2. The Double Helix : This is Life
    • 키워드: what is life, Pauling's alpha-helix, helix, structure of DNA, chemical backbone of DNA
    • 주된 실험 그룹: Avery's Group
    • Pneumococcus: pneumonia의 bacterial agent
      • has sugarlike coats
      • transforms (R->S) by DNA
    • alpha-helix - chains of amino acids foldup in proteins
      • Adenine (T와 결합)
      • Thymine (A와 결합)
      • Guanine (C와 결합)
      • Cytosine(G와 결합)
    • unzipping idea for DNA replication
      • replication 이 일어난 직후 두 strand중 하나는 heavy하고 하나는 light하다
      • DNA에 유전정보가 있는지는 어떻게 알았을까? -> avery 이후에도 확신 못함. but...?
    • Schrodinger는 life가 생물정보의 저장과전달로 설명된다고 주장하였다.
      • avery의 발견 : DNA가 transform의 factor
      • 저자가 alpha helix영향받음-> 3-chain이 아니라 2-chain임을 발견 (이것이 돌연변이도 설명한다, 3개 단위의 돌연변이만이 유독 변형을 일으키지 않았다, unzipping에 대한 증거도 발견)
  3. Reading the Code : bring DNA to life
    • protein - a string of amino acids
    • triplet code
      • transfer RNA (specific RNA adaptor, 리보솜과 붙어 필요한 아미노산 운반해준다)
      • messenger RNA - DNA정보를 읽어 복사한 부분
      • ribosomes (molecular factory) - messenger RNA를 스캔하면서 이에 맞는 단백질 형성
    • DNA에 의해 amino acid가 어떻게 결정되는가?
    • DNA vs RNA -> RNA에서는  T 대신 U 사용
    • process for generating protein, gene switch
    • RNA가 DNA이전에 나타났으므로 RNA mediate가 단백질 생성 과정에 필요한 것이다.
  4. Playing God : Customized DNA Molecules
    • 키워드: viral DNA, DNA-cutting, plasmid, sequences, cloning a gene, SV40, safe bacteria, legislation, politics, sanger method, introns / exons
    • recombinant DNA tech.
    • supporting technology & foundings
      • DNA polymerase: DNA열릴 때 이를 복사해 주는 enzyme
      • plasmid: DNA 내부의 small loops. 박테리아 안에서 복제된다.
      • restriction enzyme : cuts DNA
    • cloning DNA w/ plasmid - 구체적 방법 설명
    • 법적 문제
    • Sequencing
      • break DNA chains for inferring sequence
        • ddA, ddT, ddG, ddC를 이용하여 자른다.
        • 전기충격으로 이들이 무게(길이)에 따라 정렬되게 하면 이를 분석가능하다
    • Introns vs Exons
      • intron - 단백질 생성에 직접 연관되지 않는 부분, 진화 과정에서 퇴화된 부분일 수 있다.
      • exon - 단백질 생성에 직접 연관하는 부분, messenger RNA에서 edit단계를 거칠때 이것만이 남겨지고 intron은 제거된다.
  5. DNA, Dollars, and Drugs : Biotechnology
    • insulin : the first commercial biotech.
    • reverse transcriptase (made insulin-selling possible), human-made micro-organism is patentable subj.? (it took 8 years to the answer yes)
      • reverse transcriptase: an enzyme that does "mRNA -> DNA"
      • p4 containment facility : 완전 봉쇄된 시설 for biomedical research, 그 당시 이러한 시설은 매우 희귀했다.
    • 두번째 부흥 - chemical messengers (neurotransmitters, hormones, and growth factor - 세포 증식 촉진제)
  6. Tempest in a Cereal Box : Genetically Modified Agriculture
    • against bugs, weeds, disease on plants, Agrobacterium, seed business, oppositions
  7. The Human Genome: Life's Screenplay (시나리오)
    • Human Genome Project에 대한 이야기들, 진행과정과 상업화
    • PCR : Polymerase Chain Reaction, 원하는 유전자 부분만 골라서 증식 가능하게 한다.
      • (1) 95 degree celsius, two strands come apart ( =   -> 二 )
      • (2) add primer (원하는 유전자가 있는 곳에 달라붙는다)
      • (3) add polymerase (복사 시작)
      • sequencing은 예전의 방법을 그대로 사용한다.
      • polymerase : DNA의 complementary로 pair를 생성하는 enzyme
  8. Reading Geomes: Evolution in Action
    • intron을 파악하는 것은 쉽지 않을 일
    • different gene-density
    • gene-family : human과 mouse사이의 DNA유사성을 발견
    • 진화하면서 유전자의 특정 부분이 intron화 되어감, ex) 인간의 후각기능 감소, mouse와 후각 기능 부분 DNA가 비슷하지만 사람은 더 많은 부분이 intron으로 되어있다.
    • mobile genetic elements: genetic seq.의 증식, 복제 등을 가능케한다. 여기저기 점프한다.(진화과정에서? 아니면 증식과정에서?)
    • 박테리아 DNA분석 등을 통해 진화론은 신뢰를 얻어만 가고...
    • 개인질문: gene vs DNA : gene은 intron과 exon을 포함하여 단백질 생성에 관여하는 하나의 기능적인 단위를 말하는 것 같다.
  9. Out of Africa : DNA and the Human Past
    • 인류는 Africa에서 시작되었다. (mitochondrial DNA 분석결과)
  10. ... 별로 안중요하다고 생각함
  11. ... 별로 안중요하다고 생각함
  12. ... 별로 안중요하다고 생각함
  13. ... 별로 안중요하다고 생각함





:
Posted by Kwang-sung Jun
2009. 2. 16. 15:58

학문의 즐거움 - 히로나카 헤이스케 독서2009. 2. 16. 15:58



수학계의 노벨상인 필드상을 수상한 한 일본 수학자가 쓴 책인데, 개인의 경험을 중심으로 적절한 예제와 경험담을 통해 평범한 사람도 성공할 수 있다는 것을 보여준다. 물론 직접 보여주는 것이 아니라 자신의 사례로 부터 간접적으로 직접 느낄 수 있게 해준다. 나는 내 꿈이 학자 또는 연구원이기 때문에 연구 방법론이나 인류에게 유용할 수 있는 '이론'이 갖추어야 할 것, 문제해결방법등에서도 많은 통찰력을 얻을 수 있었다. 문체는 매우 소박하여 읽는 사람으로 하여금 부담감 없게 해주지만, 가끔은 geek스러운 면도 보여서 꿈이 학자가 아닌 사람에게는 거부감을 느끼게 해줄 대목도 있다고 생각한다.

 

1. 배움의 길

  • 배워야 하는 이유: 망각된 듯 하지만 잠재적으로 지식이 축적 되며, 공부->망각->공부의 싸이클 속에서 지혜의 넓이가 커진다. 뇌의 관용성이 좋아지고 연상작용에 능숙해 지는 것은 지혜의 깊이와 관련이 있으며, 결단력은 지혜의 힘이라 할 수 있다. 이러한 세 가지 종류의 지혜를 쌓기 위해서 우리는 배우는 것이다.

2. 창조의 여행

  • 시작이 반 : 첫 논문은 참고문헌에서 이미 증명되었지만 저자는 그것도 모르고 직접 증명해 내어 혹평을 받음
    • 관계문헌은 독파해야한다는 깨달음
    • 더 나은 논문을 위한 발판이 되었음
    • 창조의 자세를 실제 체험을 통해 배우며(즉 좋은 경험이었다), 창조라는 것은 출발점에서는 항상 유치하다.
  • 체념 : 경쟁의식이 생긴다면 상대의 우수성을 인정하고 존경하자. 상대와 함께 본인도 함께 성장한다. 질투는 창조에 필요한 정신적에너지를 소모해버릴 뿐이다.
  • 소박한 마음은 창조의 핵심이다.(결국 mind control문제)
    • "난 바보니까요"라는 마음으로 난관의 긴장을 해소
    • 조그만 성공의 경험으로 인해 자신에게 편협한 생각과 아집이 생기는 것을 경계하자.
  • 독자적인 목표 - 질투하지 말고, 주눅들지도 않고도 중장기 목표에 해당하는 것을 설정하라
  • 패기에 찬 가설 - 미국인과 일본인의 연구방법의 차이. 미국인은 과감히 가설을 세운 후 연구한다.
  • 추상과 표현. 추상이란 이상적인 형태의 어떤 것이며, 표현이란 구체적인 현실세계에 적용할 때의 모습이다.
  • "문제를 이상적인 형태로 할 것, 또는 순수한 형태로 만들어 풀기 시작할 것, 이것도 창조에는 중요하다"
  • 문제해결법: 
    • 1. 사실 그대로 파악(w/o 선입관)
    • 2. 가설세우기
    • 3. 대상분석
    • 4. 대국 파악
    • *. 단순 명쾌한 사고

3. 도전하는 정신

  • 창조에 있어 가장 중요한 것은 욕망
  • 세 가지 교훈:
    • 유연성(집착하지 않고 한걸음 물러서서 바라보기)
    • 창조에의 욕망은 주변 사람으로부터가 아니라 자신의 내면으로 부터 나와야 한다.
    • 창조는 실제 만들어 보아야 비로소 가치가 생긴다.

4. 자기발견

  • 소심(본디 지니고 있는 마음)으로 돌아가 깊이 생각하고 제일 현명한 선택을 해야 한다.

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Posted by Kwang-sung Jun
2009. 2. 12. 06:07

오만과 편견 독서2009. 2. 12. 06:07


오만은 바로 다아시씨가 지녔던 자세고
편견은 결국 둘 사이의 사랑을 위해 넘어야만 했던 장벽이었던가.
오만으로 인해 생긴 편견으로 다아시씨와 엘리자베스가 결국 어떻게 될런지...

1. 여성의 섬세한 관찰력 (상대의 감정상태를 기막히게 읽는다)
2. 경박스럽기만한 부류의 여성(리디아) : 아 이런게 흔히들 말하는 비난받는 부류의 여성이구나 싶었다.(no assult !)
3. 이와는 대조적인 엘리자베스의 현명함(상황대처, 쉽게 동요되지 않고 합리적으로 이해)
4. 책을 읽고 분별력있게 처신을 참 잘해야 겠다는 생각이 들었다. 지난날 내 행동이 자칫 오만에 가득차 판단력을 흐리고 한쪽으로 치우치진 않았는지 되돌아 보게 되었으며, 오만한 마음을 갖고 있다면 말과 행동에 묻어날 수 밖에 없다는 생각을 하게 되었다.

* 분별력이 있다는 것은 무엇을 의미할까?
  • 사리판단(옳고 그름, 이익 손해)을 잘한다.
  • 사치스럽지 않고 헤프지 않다.
  • 감정에 쉽게 휩쓸리는 등 한쪽으로 치우치지 않는다.
  • 혹시 그런 상황이 와도 정신줄을 잘 붙잡는다.
  • 결국 다른사람에게 피해를 끼치지 않는 방향이겠지?

* 사리 판단 하면서 난 생각인데 다음의 그림을 보자
   옳다 그르다
 이익  1  ???
 손해  ???  4

숫자는 행동의 우선순위이다. 분명히 옳으면서 이익인 것이 최 우선일 것이고, 가장 하지 말아야 할 것은 그르면서 손해인 것이다. 그런데 문제는 옳으면서 손해보는 일과, 그르면서 이익을 보는 일이다. 어느 쪽에 비중을 두어야 할지는 잘 모르겠으나, 내 사견은 어느 경우에나 극단적인 케이스만은 면하도록 해야 할 것이다. 막대한 손해를 감수하며 옳은 일을 선택할 필요도 없거니와 죄값을 치르면서까지 이익을 챙길 것은 없다는 것이다.

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Posted by Kwang-sung Jun